Ο Ιωάννης Σιαφάκας φοίτησε στη Στρατιωτική Ιατρική Σχολή και αποφοίτησε από την Ιατρική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης το 1991.
Εκπαιδεύτηκε στην ειδικότητα της Ουρολογίας στην Ουρολογική κλινική του Γενικού Νοσοκομείου Αθηνών “Γιώργος Γεννηματάς” και πήρε τον τίτλο της ειδικότητας το 2000.
Στη συνέχεια μετεκπαιδεύθηκε στον τομέα της Νευροουρολογίας διαταραχών της ούρησης έως το 2003, στην Ουρολογική κλινική του Massachusetts General Hospital, της Ιατρικής σχολής του πανεπιστημίου Harvard.
Από τότε μέχρι σήμερα, βρίσκεται στην Ουρολογική κλινική του 251 Γενικού Νοσοκομείου Αεροπορίας, όπου από το 2013 κατέχει τη θέση του Αναπληρωτή Διευθυντή της Ουρολογικής κλινικής.
Έχει επιτύχει στις εξετάσεις του European Board of Urology στη Βιέννη το 2001, στις εξετάσεις ATLS του Αμερικανικού Κολλεγίου Χειρουργών το 2005, στις Αμερικανικές εξετάσεις του IRB (International Research Board) στο πανεπιστήμιο του Miami το 2002, έχει αποφοιτήσει από το σχολείο Αεροπορικής Ιατρικής το 1992 και έχει το δίπλωμα Αeromedical Examiner.
Είναι πιστοποιημένα εκπαιδευμένος στην επέμβαση Holep προστάτου στο ευρωπαικό εκπαιδευτικό κέντρο IRCAD της ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου του Στρασβούργου.